O primeiro documento conhecido sobre a povoação de S.João de Ver remonta ao ano de 977, que identifica a povoação de S.João de Ver como " Villa Valerii " integrada na Civitas Sancta Maria ", referindo a existência na povoação, de um mosteiro.
Datado de 24 de Janeiro de 1103, existe um outro documento que fez a distinção entre a parte civil ( Laica ) e a parte religiosa da freguesia.
Num arrolamento dos anos quarenta (e da responsabilidade de Arlindo de Sousa) eram apontados nesta Freguesia os aglomerados populacionais seguintes: Airas, Albarrada, Albergaria, Beire, Fonte Seca, Gondufe , Granja, Gueifar, Lavandeira, Giesteira, Outeiro, Paçô, Própria, São Bento, São João e Souto Redondo. Destes topónimos, são dignos de nota, do ponto de vista do seu potencial interesse arqueológico, os casos de Paçô (diminutivo arcaico de “ paço “, Albergaria (testemunhando a existência de um daqueles estabelecimentos, a sugerir um eixo viário bastante utilizado), Gondufe ( de etimologia alti-medieval, a radicar em antropónimo germânico), S.João e S.Bento ( hagiotopónimos já documentados em período medieval ). Quanto ao corónimo “ Vêr ” ( em grafia que respeitará a pronúncia popular ), a sua análise filológica terá necessariamente de passar pelas mais remotas grafias, respeitantes aos séculos VIII (?) e XI. Isto é, respectivamente, “ Valeiri “ e “ valer “. Sugerem as mesmas um genitivo de nome pessoal Latino Valerius ( que deu Valério ), certamente o “ Senhor “ da remota “ Villa “ alti-medieval ( ou mesmo toda romana ) de onde despontaria posteriormente a Freguesia, tendo por base um documento cenóbio.
Já a apontar para uma cronologia medieval estará o achado de uma interessante pedra tumular ornada de símbolos litúrgicos. Foi a mesma lápide sepulcral granítica, destinada a servir de cobertura a uma campa, encontrada fortuitamente durante os trabalhos de demolição dos muros fronteiriços à Igreja Paroquial. Na lage estarão insculturados uma grande cruz sob os braços da qual se revelam respectivamente um cálice e uma mitra ladeada por dois báculos, tendo num topo um curisoso " sino saimão " inscrito no interior de uma circunferência.
Gerações como os Celtas, Romanos, Visigodos, Mulçulmanos, Árabes, Lusitanos, Espanhóis, o Condado Portucalense, Portucale e Portugal, viveram e passaram pela nossa Terra.
A atestar as nossas origens remotas, no Lugar de Souto Redondo e Airas, ainda se encontram troços da estrada Romana que serviam de ligação entre Lisboa e Braga. O troço romano das Airas era ponto de passagem de militares e comerciantes, que abasteciam os exércitos e recolhiam os recursos e riquezas regionais, ( comprando inclusive, os saques de guerra ) e no fornecimento de matérias-primas aos artesãos locais. Caracterizava-se pelo bordejamento com pedras de dimensão apreciável, e era pontificada com marcos miliários que indicavam as distâncias percorridas e a percorrer entre os principais centros urbanos.Desenvolvendo-se numa curiosa orientação quase paralela ao mar, a via servia e estabelecia ligações, quer directa, quer indirectamente entre os principais núcleos urbanos. Até à década de 40 do Século XX, o Troço das Airas esteve integrado na Rede de Estradas Nacional. Actualmente está classificado, pelo IGESPAR ( Instituto de Gestão do Património Arquitectónico e Arqueológico ), como Imóvel de interesse Público ( Decreto: 26-A/92 de 1 de Junho ).
Nas invasões Francesas travaram-se grandes combates na nossa freguesia por rixa fortes, e na ilha dos Capitães, quer na primeira batalha em 1807, quer na segunda em 1809, quer na terceira em 1810 junto à Quinta da Torre e onde esta serviu de quartel.
De referir que no Lugar das Airas, a 7 de Agosto de 1832, e na sequência do cêrco à cidade do Porto, ocorreu uma batalha entre liberais e miguelistas, tendo aí sido exposta a cabeça decapitada de Bernardo Francisco Pinheiro.Este antigo combatente morreu enforcado pelos opositores na forca da praça nova no Porto em 7 de Maio de 1829. Este destacado combatente deixou a sua Quinta das Airas, para morrer às mãos dos Liberais. Com estes acontecimentos, que naturalmente faziam tremer de emoção as populações e alvoroçavam os seus sentimentos, a tradição local acarreta outros pormenores. Assim, se diz que, no Lugar das Airas, esteve exposta a cabeça do Capitão-Mor, especada num poste, em cumprimento da macabra sentença. A causa profunda que levou a este desfecho, foi a rivalidade politica deste sentenciado com familiares próximos. Esta já era de longa data onde se tinham agudizado com as alterações do poder. Duas famílias acarentadas, disputando influência e hegemonia local.
Esta Freguesia ainda é célebre pela notável acção de Souto Redondo, nas guerras liberais, em 1907. Patriota eres doou à Sé de Coimbra a sua Herdade própria " in Villa Caldellas hic in Sancto Georgii ", isto é, duas partes de metade da igreja, situada subtil mosteiro Souto Redondo " discurrente rríbulo Umia território portukalensis porpe Civitas Sancta Maria ". ( Dip.et Ch. nº 851).
A inauguração da Linha do Vale do Vouga deu-se em 1908 pelo Rei D. Manuel II.
O rio Beire, que por aqui possui suas nascentes, atravessa a Freguesia orientando o seu curso de nordeste a sudoeste, ao longo de um vale aberto e espraiado. Os solos úberes e bem irrigados de São João de Ver serão os principais responsáveis por um passado de acentuado cunho rural, onde imperavam a agricultura e a pecuária.
Em 1942 esta Freguesia contava já com um muito razoável número de habitantes – 3190, segundo os respectivos censos. Dezoito anos depois a população ascenderia a 4556 residentes, passando a 5233 em 1981, 6891 em 1991 e 8816 em 2001. Os censos de 2011 atribuem-lhe 10579 residentes.
São João de Ver é uma Terra de trabalhadores por conta de outrem e vive de trabalho retalhista desde 1984. Tem-se industrializado fortemente e também progressivamente em outras áreas.
Obteve o estatuto de Vila em 30/06/1989, conforme publicação no Diário do Governo nº 99 - I Série de 01/01/1989 por aprovação da Assembleia da República sob proposta do Deputado do P.S.D, à referida Assembleia, Baptista Cardoso. A proposta foi aprovada por maioria na Assembleia com uma abstenção, sendo depois publicado o decreto-lei no Diário da República.
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